Sprawa ma wieloletnią historię. Zaczęła się od wniosku przedsiębiorcy z branży gospodarowania odpadami o pozwolenie zintegrowane na prowadzenie instalacji do kombinacji odzysku i unieszkodliwiania odpadów. Organ pierwszej instancji wydał decyzję pozytywną, która następnie na skutek odwołań składanych przez stowarzyszenia ekologiczne została uchylona przez organ odwoławczy. Takie rozstrzygnięcie skutkowałoby znacznym ograniczeniem zakresu działalności spółki.

Postępowanie administracyjne było prowadzone przez organy pierwszej i drugiej instancji prawie 8 lat. W tym czasie Główny Inspektor Ochrony Środowiska trzykrotnie nałożył na przedsiębiorcę kary pieniężne w łącznej wysokości przekraczającej 150 tys. zł. W związku z nałożeniem tych kar Minister Klimatu i Środowiska odmówił udzielenia pozwolenia zintegrowanego.

Rzecznik MŚP na wniosek przedsiębiorcy wstąpił do postępowania toczącego się przed Wojewódzkim Sądem Administracyjnym w Warszawie wszczętego skargą na decyzję Ministra.
Jak wykazał Rzecznik, organ nie prowadził postępowania w sposób budzący zaufanie do organów władzy publicznej i nie kierował się zasadą proporcjonalności, czym naruszył ustawę o odpadach. Rzecznik podkreślił, że przedsiębiorca złożył w ustawowym terminie wniosek o wydanie pozwolenia zintegrowanego i dopełnił wszelkich formalności celem jego uzyskania. Działając w zaufaniu do organów administracji, nie może zatem ponosić ujemnych skutków długotrwałego postępowania administracyjnego ani w postaci wymierzenia kar pieniężnych, ani tym bardziej w formie odmowy wydania pozwolenia zintegrowanego. Decyzja Ministra narusza zasadę proporcjonalności, gdyż negatywne rozstrzygnięcie sprawy prowadzi w istocie do likwidacji firmy przez przedsiębiorcę, który posiada warunki techniczne i organizacyjne pozwalające na prowadzenie działalności w sposób niestwarzający zagrożenia dla środowiska oraz zdrowia i życia ludzi.

WSA oddalił skargę przedsiębiorcy, a wydanym w tej sprawie wyroku nie odniósł się do stanowiska Rzecznika. Ta okoliczność legła u podstaw skargi kasacyjnej. W jej wyniku NSA uwzględnił podniesiony
w skardze kasacyjnej zarzut naruszenia art. 141 § 4 Prawa o postępowaniu przed sądami administracyjnymi. W ustnych motywach rozstrzygnięcia NSA wskazał, iż zarzut Rzecznika zasługuje na uwzględnienie. Z sentencji ani z uzasadnienia wyroku wydanego przez WSA nie wynika, że sąd rozpoznał sprawę z udziale Rzecznika. W efekcie NSA uchylił niekorzystny dla przedsiębiorcy wyrok oraz przekazał sprawę do ponownego rozpoznania Wojewódzkiemu Sądowi Administracyjnemu w Warszawie.