Organy administracji skarbowej przyjmują korzystną dla przedsiębiorców interpretację dotyczącą wyboru formy opodatkowania. Do tej pory stały na stanowisku, że dla zmiany formy opodatkowania wymagane jest oświadczenie przedsiębiorcy, złożone w urzędzie skarbowym lub za pośrednictwem CEIDG, nie wystarczy zaś wyrażenie woli co do wyboru formy rozliczeń przez odpowiednie opisanie przelewu bankowego. Wskutek takiej interpretacji wielu przedsiębiorców, którzy składali oświadczenia przez CEIDG, a następnie w przekonaniu, że skutecznie zmienili formę opodatkowania, zostało zaskoczonych wezwaniami do złożenia korekty zeznań podatkowych. Okazywało się, że ich wnioski o wyborze lub zmianie formy opodatkowania nie zostały skutecznie złożone. W tych przypadkach, mimo iż  w dobrej wierze rozliczali się w wybranej przez siebie formie, byli narażeni na konieczność zapłaty podatku w wyższej kwocie. W tego typu sprawach Rzecznik MŚP wielokrotnie występował w obronie praw przedsiębiorców. W niektórych przypadkach organy uwzględniały stanowisko Rzecznika. Korzystne dla przedsiębiorców stanowisko, na które powoływał się Rzecznik, zajął NSA w wyroku z dnia 22 lutego 2024 r. (sygn. II FSK 710/21). NSA przyjął, iż wskazanie w tytule przelewu oznaczenia formy opodatkowania spełnia warunek pisemności oświadczenia, o którym mowa w art. 9a ust. 2 u.p.d.o.f. Jednak część urzędów skarbowych do niedawna nadal podtrzymywało niekorzystną dla przedsiębiorców interpretację.

W ostatnim czasie organy skarbowe coraz częściej przychylają się do opinii Rzecznika i stwierdzają, że odpowiednio opisany przelew uznany jest za skuteczną informację o wyborze zasad rozliczeń.